V souvislosti s pádem komunistické totality se na počátku 90. let 20. století otevřely nové možnosti vědecké spolupráce badatelů a badatelek z Evropy i zámoří. Jedním z klíčových témat české historiografie, které rezonovalo i v zahraničí, byla a je problematika české reformace 14. až 17. století a její interdisciplinární výzkum. Důležitou platformou vědecké kooperace se stala bienální mezinárodní konference historiků, teologů a filozofů z Evropy a Ameriky, zabývající se širším kontextem české náboženské reformace. Pravidelná setkání se konají pod souhrným názvem „The Bohemian Reformation and Religious Practice/Česká reformace a náboženská praxe (BRRP)“ od roku 1994.

Nově založené Collegium Europaeum při Filozofické fakultě Univerzity Karlovy a Filozofickém ústavu Akademie věd ČR v Praze připravuje několik nových konferenčních řad. Projekt FERGUNNA je koncipován jako bienální interdisciplinární konference k historickým a aktuálním tématům česko-saského hraničního prostoru v evropském kontextu. Jednotlivé konference by se měli konat střídavě v zajímavých destinacích severozápadních Čech (Ústecký a Karlovarský kraj) a Svobodného státu Sasko, hlavním výstupem by měl vždy být česko-německý sborník FERGUNNA.

U příležitosti 400. výročí příchodu františkánů ke kostelu Panny Marie Sněžné na Novém Městě v Praze (1604) byl v roce 2004 realizován rozsáhlý výstavní projekt HISTORIA FRANCISCANA, jehož významnou součástí byl i stejnojmenný katalog. V roce 2005 pak pod názvem HISTORIA FRANCISCANA II. vyšel k 300. výročí úmrtí českého františkánského učence Bernarda Sanniga (†1704) interdisciplinární sborník, obsahující studie a texty, reflektující františkánské dějiny v českých zemích. Katalog i sborník byly zaštítěny a finančně podpořeny Českou františkánskou provincií sv. Václava.